Elk schooljaar krijgt vijf procent van de scholen die steun aanvragen voor schoolfruit controle van het Agentschap voor Landbouw en Visserij, afdeling Markt- en Inkomensbeheer. Alle scholen die een fruitabonnement afsluiten en daarvoor subsidies krijgen, moeten aan premievoorwaarden voldoen. Indien bij een controle ter plaatse een inbreuk wordt vastgesteld, kan dat aanleiding geven tot een vermindering van het uitbetaald steunbedrag.
Een controle ter plaatse in de onderwijsinstelling bestaat uit drie delen: een controle van de vestigingsplaatsen, van de steunaanvragen en van de facturen/leveringsbonnen.
De controle heeft bovendien betrekking op een periode van ten minste de vorige twaalf maanden, zowel het huidige als het vorige schooljaar worden dus gecontroleerd.